Wetenschappers staan er niet bekend om dat ze graag informatie delen zonder dat daar direct iets tegenover staat. Begrijpelijk ook, omdat ze vaak worden afgerekend op het aantal publicaties die ze produceren. Maar nood breekt wetten, tijdens de recente uitbraak van EHEC in mei dit jaar werd data direct gedeeld waardoor de EHEC bacterie in zeer korte tijd kon worden gekarakteriseerd.

EHEC is het agressieve broertje van de E.coli bacterie, een normaal gesproken, onschuldige bewoner van onze darmen die helpt om voedsel te verteren. Een aantal E.coli varianten zijn minder onschuldig en zijn in staat om voedselvergiftiging te veroorzaken met klachten zoals diarree en overgeven tot gevolg. Sommige stammen zijn gevaarlijker zoals het serotype O157:H7 die de “Hamburger-ziekte” kan veroorzaken. Deze ziekte die vooral in de Verenigde Staten rond het barbequeseizoen optreedt, kan bij jonge kinderen en ouderen ernstige diarree en zelfs nierfalen veroorzaken. Toch is deze variant niet te vergelijken met de agressiviteit van EHEC die in mei in Duitsland opdook en daar meer dan 4000 mensen besmette en waaraan 40 mensen overleden.

Vanwege de ernstige bedreiging van de volksgezondheid was het zaak om de EHEC variant in een snel tempo, volledig te karakteriseren. Om te beginnen werd van 5 afzonderlijke EHEC isolaten, de volledige DNA code in kaart gebracht. Hierbij werd het voortouw genomen door het Beijing Genome Institute (BGI). Dit instituut, bezit de meest geavanceerde apparaten ter wereld om deze klus te klaren. Met de allernieuwste machine was binnen 3 uur de code van het bacterie genoom opgehelderd. Ter vergelijking, twintig jaar geleden kostte het mij twee maanden om het DNA van één bacterieel-gen te ontrafelen. Dus één gen, terwijl het E. coli genoom uit zo’n 4000 genen bestaat.

Hierna werd aan alle genen functies toegekend; het annoteren van het genoom. Normaal gesproken is dit een tijdrovende klus. Met een, binnen de wetenschap, ongebruikelijke stap gaf het BGI de genoom informatie vrij onder een creative commons licentie. Dit betekent dat het iedere wetenschapper vrij stond om met de data aan de slag te gaan. Dit werd dan ook massaal gedaan waarbij de onderzoekers elkaar snel op de hoogte hielden van de nieuwste onderzoeksresultaten door ze te twitteren (#ehec_data). Deze vorm van crowdsourcing zorgde voor een bijzonder snelle annotatie van het genoom.

Uiteindelijk werd duidelijk dat de agressieve E.coli variant van het type O104:H4 is die net als de hamburger variant in staat is om het shiga toxine te produceren. Opmerkelijk is dat de genen voor het shiga toxine niet van bacteriële oorsprong zijn maar komen van een bacteriofaag, een virus dat specifiek bacteriën infecteert. En juist dit shiga toxine ligt meestal ten grondslag aan ernstige diarree en nierschade. Een groot probleem is dat behandeling met antibiotica in patiënten geïnfecteerd met EHEC, er voor kan zorgen dat er meer shiga toxine wordt geproduceerd. Daar komt nog eens bij dat de stam 0104:H4 een aantal genen heeft die hem resistent maken tegen verschillende antibiotica. Hierdoor ontstond een regelrechte catch-22 situatie; behandelen en niet-behandelen kon de situatie van de patiënt doen laten verslechteren.

Neemt niet weg dat deze voor de wetenschappelijke wereld unieke manier van het delen van informatie, ertoe heeft geleid dat EHEC binnen recordtempo gekarakteriseerd was en dat binnen 5 dagen er een specifieke test was ontwikkeld. Hier hebben wetenschappers laten zien dat als het gaat om de acute bedreiging van de volksgezondheid ze ook hun ego’s los kunnen laten en zonder directe tegenprestatie efficiënt kunnen samenwerken. Dit smaakt naar meer.