In de laatste week van dit jaar schrijven de auteurs van sciencepalooza over hun wetenschappelijke hoogte- en dieptepunten van 2008, en over de torenhoge verwachtingen die ze voor het komende jaar hebben. Legio onderwerpen zullen de revue passeren: van de LHC tot het klimaat, van Obama tot Fokke en Sukke, van de grootste misverstanden in de genetica tot de grootste flops van het jaar. Tot en met 2 januari bijna elka dag een nieuwe aflevering, mis er geen één!

Op eerste kerstdag presenteert Nadine het beste van de wetenschap gevangen op de gevoelige plaat. Hoe mooi wetenschap kan zijn? Kijk en geniet snel verder…

Er verschijnen natuurlijk overal lijstjes rond deze tijd. De beste sportman van Nederland (jammer dat Sven het niet geworden is…), de beste politicus van Nederland (wat doet Woutertje het toch goed in tijden van crisis…), enzovoort enzovoort. Dat is niet anders in de wetenschappelijke wereld. De meeste daarvan zijn niet gratis te lezen, maar Nature heeft er wel een paar die je gratis kan bekijken. Bijvoorbeeld een lijstje met hun favoriete ontdekkingen gepubliceerd in andere journals (voor het lijstje met Nature artikelen moet je dan ineens weer wel betalen), en hun “Images of the year“.

Dat laatste inspireerde mij om een top 4 te maken van de mooiste plaatjes/filmpjes die ik dit jaar gezien heb (tromgeroffel…):

Met stip op nummer 1: Brainbow

brainbow

Ik schreef al eerder over de Nobelprijs voor GFP, het fluorescerende eiwit waarmee je bijvoorbeeld een bepaald soort cellen groen kan laten oplichten door GFP aan een eiwit te koppelen dat alleen in die cellen voorkomt. Dit jaar, of om eerlijk te zijn eigenlijk eind vorig jaar, is daar iets revolutionairs uit voortgekomen. Naast GFP zijn er tegenwoordig talloze andere fluorescerende eiwitten in verschillende kleuren. De slimme bedenker van brainbow, die toen nog postdoctoral fellow in het lab van Josh Sanes, plakte de genen die coderen voor een groen, rood en blauw fluorescerend eiwit achter elkaar. Was hij toen gestopt dan zouden de cellen de kleur hebben die rood, blauw en geel samen opleveren, beetje grijzig denk ik. Maar hij deed nog iets slims. Hij gebruikte een truc waardoor in elke cel een andere combinatie van die fluorescerende eiwitten wordt gemaakt. Die verschillende combinaties leiden tot een grote hoeveelheid aan verschillende kleuren, vandaar brainbow. Dit stelt onderzoekers in staat de afzonderlijke cellen van een bepaald type van elkaar te onderscheiden. Dat is bijvoorbeeld handig als je, in het geval van zenuwcellen (zie plaatje) wilt begrijpen waar de lange uitlopers vandaan komen en waar ze heen gaan. Op google image vind je nog veel meer mooie brainbow plaatjes.

Best of the rest: Embryo op film

embryo op film

Alle cellen zien groeien en bewegen tijdens de embryonale ontwikkeling, dat was nog nooit iemand gelukt. Dit jaar zijn onderzoekers in Duitsland erin geslaagd een microscoop te bouwen die hen in staat stelde om de ontwikkeling van een zebravis embryo te volgen van vlak na de bevruchting tot 24 uur later. Je ziet alle cellen delen en je kan hun bewegingen precies volgen. Dit kan helpen om uit te vinden wat er precies misgaat als er een bepaald gen kapot is. En, als je het filmpje achterstevoren afspeelt, kun je kijken waar bepaalde cellen vandaan komen. Hier zie je alleen een still van een filmpje. Je kan de filmpjes gratis downloaden op de website van de groep die het allemaal deed.

Meer van hetzelfde: Nog een embryo op film

Dit is eigenlijk niets nieuws. Sterker nog, het is best een oud filmpje. Helemaal als je het vergelijkt met het vorige filmpje. Toch is dit voor mij dit jaar een persoonlijke favoriet. Je ziet de ontwikkeling van een zebravis embryo van vlak na de bevruchting tot zo’n twintig uur later (origineel komt uit: Karlstrom RO, Kane DA. A flipbook of zebrafish embryogenesis. Development 123:4 (1996))

Ongelofelijk: Transcriptie live zien gebeuren

live transcriptie

Het moge inmiddels duidelijk zijn dat GFP uitermate geschikt is om cellen een kleurtje te geven. Maar er is meer. Dit jaar liet de groep van John Lis live transcriptie zien! Een korte introductie is misschien op zijn plaats hier. Het genetisch materiaal in de kern van elke cel bestaat uit DNA. Dit is zeg maar de handleiding voor het maken van alle eiwitten die nodig zijn om ons aan de gang te houden. Maar het maken van eiwitten gebeurt niet direct door het DNA te lezen. Het DNA wordt eerst vertaald in RNA en dat dient dan als instructie voor het maken van eiwitten. De functie van deze extra vertaalstap komt waarschijnlijk nog wel een keer ter sprake op sciencepalooza. Hier is het voldoende om te weten dat het gebeurt en dat het vertaalproces van DNA naar RNA transcriptie heet. Een belangrijke speler in dit proces is RNA polymerase (dat wat RNA maakt). En nu kun je dat eiwit dus gewoon aan het werk zien! Hier waren drie dingen voor nodig. Allereerst natuurlijk GFP. In dit geval is GFP aan de RNA polymerase geplakt om hem zichtbaar te maken (zie witte pijltjes in het blaatje hierboven). Vervolgens Drosophila polytene. Polytene zijn identieke stukken DNA die netjes parallel aan elkaar liggen (zie fotootje bovenaan dit stuk). Deze situatie doet zich bijvoorbeeld voor in de speekselklier van de fruitvlieg. Deze georganiseerde hoop DNA maakt het een stuk makkelijker om DNA te zien (rood in het plaatje hierboven). En tot slot een 2-photon microscoop. Doet er even niet toe hoe het werkt maar daarmee kan je beter dan voorheen live processen volgen met een microscoop. En zo kon het dus gebeuren dat we eindelijk konden zien wat we allang wisten, namelijk dat RNA polymerase verantwoordelijk is voor het vertalen van DNA in RNA.

Tot zo ver mijn top 4. Ik wens iedereen fijne feestdagen en een geweldig 2009!